新成立的创新工程学院（FIE）是通过重组信息科技、纳米技术与材料科学、系统与控制、环境科学与工程的现有优势而组建的。创新工程学院下设计算机科学与工程学院、工程科学系、材料科学与工程系和环境科学与工程系。 FIE 还具有促进与两个国家重点实验室（中医药和空间科学）和医学院合作的组织架构。为了紧贴现代工程学科快速发展和学科多样化的步伐，澳科大的课程强调通过严谨的核心基础课程和深入的跨学科个性化创新项目来培育“创新”和跨学科思维。此外，学生还能接触到更为宽广的知识库，包括沟通交流、创业精神和设计思维。

　　澳科大汇聚英才，提供独具特色的创新工程课程。在澳门这样一座拥有 400 多年东西方文化底蕴的世界性城市中，澳科大创新工程学院的优秀学子、教师和其他工作人员在创新性的本科和研究生课程中和谐相处，营造出一个从事理工科研究造福人类的绝佳场所。欢迎您浏览我们的学院网站，了解更多相关信息

创新工程学院是在大学领导层深思熟虑，与持份者充分磋商，对全球大学和研究机构类似举措认真研究，以及参考了来自科技界翘楚的积极反馈而做出的重大决定。澳门科技大学创新工程学院于2022年3月27日正式成立。

创新工程学院把具实力但分散的重点研究方向集中到统一的结构和组织中，从而巩固了工程学科间的协作而提升了资源的效用，为跨学科的创建、发展、和开花结果提供肥沃的土壤，且为大学国际化集中了力度。

创新工程学院的初步组织和结构将包含以下学术单位：计算机科学与工程学院、工程科学系、材料科学与工程系以及环境科学与工程系。创新工程学院中各院系将成为以下相应研究机构依附的教学单位：澳门系统工程研究所、澳门环境研究院、澳门材料科学与工程研究院、澳门智慧城市研究院、下一代互联网国际研究院、开放智能电动车研究中心、智能机器人技术创新中心以及澳门数学研究中心。这个结构更促进了与校内其他单位的跨部门合作，包括医学院，中药质量研究国家重点实验室，埃尔文内尔博士生物物理与创新药物实验室，月球与行星科学国家重点实验室，澳门海岸带生态环境国家野外科学观测研究站和水利部数字孪生流域重点实验室。