在2000年创立的资讯科技学院，是大学最早的四个学院之一，为发展优势学科，重新规划工科体系，澳门科技大学于2022年3月将建校之初成立的「资讯科技学院」整合为「创新工程学院」。作为一所跨学科的学院，创新工程学院汇集了来自不同领域的专业教师团队，为学生提供全面的工程学习和实践。学院开设了计算机科学与工程学院、工程科学系、材料科学与工程系、环境科学与工程系以及太空科学与技术系，涵盖多个领域，如电子工程、计算机科学、材料工程、环境科学、太空科技等，以满足不同学生的学习需求和职业发展目标。通过提供优质的教育资源和培养跨学科能力，创新工程学院为学生的学术发展和职业成功打下坚实的基础。

 创新工程学院下设以下研究单位：澳门系统工程研究所、澳门环境研究院、下一代互联网国际研究院、澳门数学研究中心及太空科学研究所。这个结构更促进了与校内其他单位的跨部门合作，包括医学院，中药质量研究国家重点实验室，埃尔文内尔博士生物物理与创新药物实验室，月球与行星科学国家重点实验室，澳门海岸带生态环境国家野外科学观测研究站和水利部数字孪生流域重点实验室。

 为了推动产学研成果转化，促进澳门经济的适度多元发展，澳门科技大学于2023年10月成立澳科大康泽创新科技中心，中心的成立得到了澳门特别行政区政府的大力支持，期望通过这个平台促进科研成果的积累和优秀人才的培养，提升澳门在科研领域的影响力和竞争力，同时也被视为粤港澳地区跨学科前沿科技研究中心，有望成为培养人才和促进产业发展的重要基地。