在2000年創立的資訊科技學院，是大學最早的四個學院之一，為發展優勢學科，重新規劃工科體系，澳門科技大學於2022年3月將建校之初成立的「資訊科技學院」整合為「創新工程學院」。作為一所跨學科的學院，創新工程學院彙集了來自不同領域的專業教師團隊，爲學生提供全面的工程學習和實踐。學院開設了計算機科學與工程學院、工程科學系、材料科學與工程系、環境科學與工程系以及太空科學與技術系，涵蓋多個領域，如電子工程、計算機科學、材料工程、環境科學、太空科技等，以滿足不同學生的學習需求和職業發展目標。通過提供優質的教育資源和培養跨學科能力，創新工程學院爲學生的學術發展和職業成功打下堅實的基礎。

 創新工程學院下設以下研究單位：澳門系統工程研究所、澳門環境研究院、下一代互聯網國際研究院、澳門數學研究中心及太空科學研究所。這個結構更促進了與校內其他單位的跨部門合作，包括醫學院，中藥質量研究國家重點實驗室，埃爾文內爾博士生物物理與創新藥物實驗室，月球與行星科學國家重點實驗室，澳門海岸帶生態環境國家野外科學觀測研究站和水利部數字孿生流域重點實驗室。

 為了推動產學研成果轉化，促進澳門經濟的適度多元發展，澳門科技大學於2023年10月成立澳科大康澤創新科技中心，中心的成立得到了澳門特別行政區政府的大力支持，期望通過這個平臺促進科研成果的積累和優秀人才的培養，提升澳門在科研領域的影響力和競爭力，同時也被視爲粵港澳地區跨學科前沿科技研究中心，有望成爲培養人才和促進産業發展的重要基地。