由于现代科技的快速发展，工程科学应用的前沿不断扩张，其涵盖的范围日趋多元而相互交叉，甚至对有关商务的精凖管理亦提出了新的要求。澳门科技大学创新工程学院的工程科学系正是因应这些挑战而设，特色是强调学生数、理、工的根基，使其有能力紧贴科技的前沿，与时俱进。学系的学科将集成应用数学与数据科学，自动化，系统工程，生物科技，综合模拟和管理工程等，对应计划设立自动化与系统工程学士和*跨学科工程学士两本科课程，目前开设课程有智能技术硕士和智能科学与系统博士课程。
工程科学系已有瞩目的研究成果。按照科睿唯安(原汤森路透)于2019年5月发布的「基本科学指标资料库」(Essential Science Indicators，简称ESI)统计数据，澳门科技大学的工程科学首次进入相关学科领域全球高校及科研机构排名前1%。上海软科于2021年发布2021「软科世界一流学科排名」（ShanghaiRanking’s Global Ranking of Academic Subjects）中，澳门科技大学控制科学与控制工程学科位列世界51-75区间。
本学系聚集多领域国际高水准教师，正发展成为创新型国际认可的一流学术和人才培育机构，为大湾区智能制造、智能机器人、数位孪生、生物科技、管理工程等领域培养高素质的创新型科技人才。
*将开设3大专业包括：生物科技、综合仿真、管理工程。
