当今社会已迈入智能化时代，人工智能渗透各个学科领域，同时，不仅工程科学各个领域紧密耦合，同时工程学科与管理科学、生命科学、人文科学也紧密交叉。这为工程科学人才培养提出了严峻的挑战。澳门科技大学创新工程学院工程科学系正是因应这些挑战而设，其特色是强调学生数、理、工的根基，打下智能科学领域和跨学科的扎实基础，使其具有创新思维，有能力紧贴当今科技前沿，与时俱进。学系的学科将集成人工智能，数字化，自动化，系统工程，生物科技，综合模拟和管理工程等相关技术，培养具有终身学习能力的人才。目前学系开设有“智能科学与系统”博士课程，“智能技术”硕士课程，以及“自动化与系统工程”和“跨学科工程”两个本科课程。
本学系聚集多领域国际高水准教师，包括7名ESI高被引学者，以及5名IEEE Fellows。教师们承担了大量研究项目，研究经费充足。同时学系与诸多高科技企业开展产学研研究，为学生提供了良好的实习机会。此外，学系有广泛的国际交流。工程科学系正发展成为创新型国际认可的一流学术和人才培育机构，为大湾区智能制造、智能机器人、数位孪生、生物科技、管理工程等领域培养高素质的创新型科技人才。
工程科学系已取得瞩目的研究成果。按照科睿唯安(原汤森路透)于2019年5月发布的「基本科学指标资料库」(Essential Science Indicators，简称ESI)统计数据，澳门科技大学工程科学于2019年已迈入该领域全球高校及科研机构排名前1%，目前排名已接近千分之一。上海软科于2023年发布「软科世界一流学科排名」(ShanghaiRanking’s Global Ranking of Academic Subjects)中，澳门科技大学控制科学与控制工程学科位列世界51-75区间。
