在2000年創立的資訊科技學院，是大學最早的四個學院之一，為發展優勢學科，重新規劃工科體系，澳門科技大學於2022年3月將建校之初成立的「資訊科技學院」整合為「創新工程學院」。作為一所跨學科的學院，創新工程學院彙集了來自不同領域的專業教師團隊，爲學生提供全面的工程學習和實踐。學院開設了計算機科學與工程學院、工程科學系、材料科學與工程系、環境科學與工程系以及太空科學與技術系，涵蓋多個領域，如電子工程、計算機科學、材料工程、環境科學、太空科技等，以滿足不同學生的學習需求和職業發展目標。通過提供優質的教育資源和培養跨學科能力，創新工程學院爲學生的學術發展和職業成功打下堅實的基礎。

澳科大計算機科學在「科睿唯安」2021年「基本科學指標資料庫」統計數據中躋身全球前1%；在泰晤士高等教育「2024年世界大學學科排行榜」中位列世界176-200 區間；在上海軟科「2023軟科世界一流學科排名」中位列世界101-150區間，澳科大控制科學與工程位列此榜單的世界51-75區間。在U.S. News 發佈的2024年世界大學學科排行榜中，澳科大人工智能專業，位列世界第93位。