新成立的創新工程學院（FIE）是通過重組信息科技、納米技術與材料科學、系統與控制、環境科學與工程的現有優勢而組建的。創新工程學院下設計算機科學與工程學院、工程科學系、材料科學與工程系和環境科學與工程系。 FIE 還具有促進與兩個國家重點實驗室（中醫藥和空間科學）和醫學院合作的組織架構。為了緊貼現代工程學科快速發展和學科多樣化的步伐，澳科大的課程強調通過嚴謹的核心基礎課程和深入的跨學科個性化創新項目來培育“創新”和跨學科思維。此外，學生還能接觸到更為寬廣的知識庫，包括溝通交流、創業精神和設計思維。

澳科大匯聚英才，提供獨具特色的創新工程課程。在澳門這樣一座擁有 400 多年東西方文化底蘊的世界性城市中，澳科大創新工程學院的優秀學子、教師和其他工作人員在創新性的本科和研究生課程中和諧相處，營造出一個從事理工科研究造福人類的絕佳場所。歡迎您瀏覽我們的學院網站，了解更多相關信息！

在2000年創立的資訊科技學院，是大學最早的四個學院之一，為發展優勢學科，重新規劃工科體系，澳門科技大學於2022年3月將建校之初成立的「資訊科技學院」整合為「創新工程學院」。作為一所跨學科的學院，創新工程學院彙集了來自不同領域的專業教師團隊，爲學生提供全面的工程學習和實踐。學院開設了計算機科學與工程學院、工程科學系、材料科學與工程系、環境科學與工程系以及太空科學與技術系，涵蓋多個領域，如電子工程、計算機科學、材料工程、環境科學、太空科技等，以滿足不同學生的學習需求和職業發展目標。通過提供優質的教育資源和培養跨學科能力，創新工程學院爲學生的學術發展和職業成功打下堅實的基礎。

澳科大計算機科學在「科睿唯安」2021年「基本科學指標資料庫」統計數據中躋身全球前1%；在泰晤士高等教育「2024年世界大學學科排行榜」中位列世界176-200 區間；在上海軟科「2023軟科世界一流學科排名」中位列世界101-150區間，澳科大控制科學與工程位列此榜單的世界51-75區間。在U.S. News 發佈的2024年世界大學學科排行榜中，澳科大人工智能專業，位列世界第93位。