當今社會已邁入智能化時代，人工智能滲透各個學科領域，同時，不僅工程科學各個領域緊密耦合，同時工程學科與管理科學、生命科學、人文科學也緊密交叉。這為工程科學人才培養提出了嚴峻的挑戰。澳門科技大學創新工程學院工程科學系正是因應這些挑戰而設，其特色是強調學生數、理、工的根基，打下智能科學領域和跨學科的扎實基礎，使其具有創新思維，有能力緊貼當今科技前沿，與時俱進。學系的學科將集成人工智能，數字化，自動化，系統工程，生物科技，綜合模擬和管理工程等相關技術，培養具有終身學習能力的人才。目前學系開設有“智能科學與系統”博士課程，“智能技術”碩士課程，以及“自動化與系統工程”和“跨學科工程”兩個本科課程。
本學系聚集多領域國際高水準教師，包括7名ESI高被引學者，以及5名IEEE Fellows。教師們承擔了大量研究項目，研究經費充足。同時學系與諸多高科技企業開展產學研研究，為學生提供了良好的實習機會。此外，學系有廣泛的國際交流。工程科學系正發展成為創新型國際認可的一流學術和人才培育機構，為大灣區智能製造、智能機器人、數位孿生、生物科技、管理工程等領域培養高素質的創新型科技人才。
工程科學系已取得矚目的研究成果。按照科睿唯安(原湯森路透)於2019年5月發佈的「基本科學指標資料庫」(Essential Science Indicators，簡稱ESI)統計數據，澳門科技大學工程科學於2019年已邁入該領域全球高校及科研機構排名前1%，目前排名已接近千分之一。上海軟科於2023年發佈「軟科世界一流學科排名」(ShanghaiRanking’s Global Ranking of Academic Subjects)中，澳門科技大學控制科學與控制工程學科位列世界51-75區間。
